Wichtige Unternehmensverträge sind in der Praxis insbesondere der Beherrschungs- und der Gewinnabführungsvertrag, auch in Kombination als Beherrschungs- und Gewinnabführungsvertrag.
Bei einem Beherrschungsvertrag unterstellt sich ein Unternehmen (Organgesellschaft, beherrschtes Unternehmen) der Leitungsmacht eines anderen Unternehmens (Organträger, herrschendes Unternehmen). Bei einem Gewinnabführungsvertrag ist die Organgesellschaft verpflichtet, ihren Gewinn an den Organträger abzuführen. Beide Verträge können auch kombiniert abgeschlossen werden (Beherrschungs- und Gewinnabführungsvertrag). Das herrschende Unternehmen ist sowohl bei einem Beherrschungs- als auch bei einem Gewinnabführungsvertrag verpflichtet, Jahresfehlbeträge des beherrschten Unternehmens auszugleichen. Wenn die steuerlichen Voraussetzungen hierfür vorliegen, führt ein Gewinnabführungsvertrag zu einer körperschaftsteuerlichen und gewerbesteuerlichen Organschaft.
Ein Beherrschungs- und Gewinnabführungsvertrag selbst ist in der Regel nicht beurkundungspflichtig. Sie können jedoch bei einer beherrschten GmbH ausnahmsweise dann beurkundungspflichtig sein, wenn der Vertrag Erwerbspflichten der herrschenden Gesellschaft hinsichtlich der Geschäftsanteile außenstehender Gesellschafter vorsieht (vgl. § 305 Abs. 1 AktG). Beurkundungspflichtig sind ferner stets die Zustimmungsbeschlüsse der beteiligten Aktiengesellschaften (sowohl als herrschendes als auch als beherrschtes Unternehmen) sowie der Zustimmungsbeschluss einer beherrschten GmbH (nicht derjenige einer herrschenden GmbH). Zumindest der notariellen Beglaubigung bedürfen Verzichte auf die in §§ 293a ff. AktG vorgesehenen Formalien. Auch die erforderliche Anmeldung zum Handelsregister der beherrschten Gesellschaft ist notariell zu beglaubigen.